Οι περιοχές δειγματοληψιών επιλέχθηκαν με γνώμονα την μέγιστη κάλυψη των περιοχών διαβίωσης των ΧΞΕ, αλλά και την έλλειψη σχετικής επιστημονικής γνώσης για την εκάστοτε περιοχή. Για τον λόγο αυτό λοιπόν επιλέχθηκαν: 

Η περιοχή της Δωδεκανήσου με σταθμούς δειγματοληψίας την Κάλυμνο και την Νίσυρο.

Η περιοχή των νησιών του ΒΑ Αιγαίου με σταθμούς δειγματοληψίας την Σάμο και την Λέσβο.

Η περιοχή της Αττικής με σταθμό δειγματοληψίας στον Σαρωνικό κόλπο, ο οποίος θεωρείται ως ιδιαίτερη περιοχή για την εξάπλωση των ΧΞΕ στο δυτικό Αιγαίο.

Η περιοχή των νότιων Κυκλάδων με σταθμό δειγματοληψίας την Σαντορίνη.

Η περιοχή των Ιονίων νήσων με σταθμό δειγματοληψίας στην Κεφαλονιά.

Στο πλαίσιο των δειγματοληψιών, καλύφθηκε ολόκληρη η Πελοπόννησος, όπου πραγματοποιήθηκαν καταδύσεις σε όλους του επιμέρους κόλπους. Η περιοχή της Πελοποννήσου φαίνεται να είναι ιδιαίτερα σημαντική για την εξάπλωση των ΧΞΕ προς το Ιόνιο και την κεντρική Μεσόγειο. Είναι δε περιοχή έλλειψης δεδομένων.

• Αργολικός κόλπος με δύο σταθμούς δειγματοληψίας
• Λακωνικός κόλπος με έναν σταθμό δειγματοληψίας
• Μεσσηνιακός κόλπος με δύο σταθμούς δειγματοληψίας
• Κυπαρισσιακός κόλπος με δύο σταθμούς δειγματοληψίας